W 1987 wycofał się z działalności politycznej. Do 2003 pełnił funkcję prezesa przedsiębiorstwa Demoscopia, zajmującego się przeprowadzaniem badań opinii publicznej. W międzyczasie był także m.in. dyrektorem generalnym przedsiębiorstwa branży reklamowej i prezesem ANEIMO, zrzeszenia firm marketingowych. Od 2003 był zatrudniony na dyrektorskim stanowisku w BBVA, jednym z największych hiszpańskich banków. W latach 2003–2010 reprezentował tę instytucję w EFQM, europejskiej fundacji zarządzania jakością, w której także zajmował stanowisko prezesa. Od 2005 do 2006 kierował europejskim stowarzyszeniem ESOMAR. Od 2005 prowadził również własne przedsiębiorstwo konsultingowe.
W grudniu 2011 z rekomendacji Partii Ludowej objął urząd ministra edukacji, kultury i sportu w rządzie Mariano Rajoya. W czasie jego urzędowania gabinet w ramach przeciwdziałania kryzysowi finansowemu przeforsował w parlamencie znaczne cięcia wydatków m.in. na edukację, co w maju 2012 doprowadziło do strajku generalnego całego sektora edukacji. W czerwcu 2015 José Ignacio Wert odszedł ze stanowiska, zastąpił go wówczas Íñigo Méndez de Vigo.