Podczas bombardowania fortu, jedna z tureckich armat wypaliła w osłonę (parapet), za którą stała, siejąc odłamkami na wszystkie strony. Gruz powstały z impetu uderzenia kuli zabił kanoniera i śmiertelnie zranił pirata na służbie tureckiej admirała Turguta Reisa, jednego z najzdolniejszych tureckich dowódców. Fort wytrzymał oblężenie przez 28 dni, poddając się Turkom 23 czerwca 1565 roku. Żaden z rycerzy-obrońców nie przeżył, jedynie dziewięciu Maltańczyków zdołało uciec po upadku fortu, przepływając wpław port Grand Harbour do fortu Saint Angelo. Długa obrona fortu dała czas, tak potrzebny do przygotowania innych fortec oraz nadejścia posiłków z Hiszpanii, które masakrując Turków odepchnęły ich od Malty.
Odbudowa i modyfikacje Po oblężeniu, Wielki Mistrz Jean Parisot de Valette zdecydował o budowie nowego miasta na półwyspie. Prace rozpoczęto w roku 1566, a papież przysłał swojego architekta Francesco Laparelliego, aby ten zaprojektował fortyfikacje. Zrujnowany fort St. Elmo został odbudowany i włączony w system murów obronnych miasta.