Dlaczego kapitalizm triumfuje na Zachodzie a zawodzi gdzie indziej” Hernando de Soto, „Fałsz politycznych Frazesów” pod redakcją Marka Spanglera. W 2000 roku założył w USA fundację Polish-American Foundation for Economic Research and Education (PAFERE). W 2007 roku powołał do życia jej polski odpowiednik – Polsko-Amerykańską Fundację Edukacji i Rozwoju Ekonomicznego.
Jan Michał Małek był członkiem prestiżowego Mont Pèlerin Society, skupiającego ponad 500 ekonomistów z całego świata, w tym kilku noblistów. Członkami stowarzyszenia byli m.in. nieżyjący już Friedrich August von Hayek, Milton Friedman i Gary Becker. Wraz ze Zbigniewem Zarywskim, polskim przedsiębiorcą, ufundował Nagrodę Literacką im. Józefa Mackiewicza. Nagroda ta jest przyznawana corocznie od 2002 roku i jest wręczana w Warszawie w dniu Święta Niepodległości, 11 listopada.
Jan Michał Małek był współzałożycielem Instytutu Polonii (Polonia Institute), fundacji powstałej w 2015 roku, zajmującej się m.in. krzewieniem w Stanach Zjednoczonych prawdy o Polsce i polskich sprawach.
W dniu 22 listopada 2016 roku, Jan Michał Małek odznaczony został przez Prezydenta RP Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski za całokształt działalności dla dobra Polonii i Polski.