Na podstawie dekretu z 5 lutego 1919 roku postanowiono, że nadzór nad wykonywaniem opieki sanitarnej podczas przeprowadzania jeńców, uchodźców i robotników przez ziemie polskie należał do Ministerstwa Zdrowia Publicznego. Minister Zdrowia Publicznego, wedle własnego uznania, mianował odpowiednią liczbę urzędników, którzy wchodzili w skład Urzędu, jako organy wykonawcze sanitarneDekret w sprawie zmiany dekretu z dnia 30 grudnia 1918 r. o utworzeniu Państwowego Urzędu do spraw powrotu jeńców, uchodźców i robotników w: ..
Na czele Urzędu stał komisarz generalny powoływany przez Radę Ministrów. Komisarz, w porozumieniu z odnośnymi Ministerstwami, zatwierdzał instrukcje, okólniki i regulaminy szczegółowe. Pomocnikiem komisarza generalnego był jego zastępca. Urząd dzielił się na pięć wydziałów: Wydział I Ogólny, Wydział II Prowincjonalny, Wydział III Statystyczno-Rozrachunkowy, Wydział IV Zagraniczny, Wydział V Służby Etapów.
Na czele Wydziału Służby Etapów stał wojskowy naczelnik służby etapów, który był przedstawicielem Sztabu Generalnego przy państwowym Urzędzie do spraw powrotu jeńców, uchodźców i robotników, i oficerem łącznikowym pomiędzy Sztabem Generalnym i Urzędem. Kompetencje naczelnika służby etapów miały być określone w instrukcji zatwierdzonej przez Sztab Generalny.