pozostał współpracownikiem Zakładu.
W ciągu ponad sześćdziesięciu lat pracy naukowej opublikował ponad 200 tekstów z różnych dziedzin, najczęściej związanych z szeroko pojętą geografią historyczną, często o charakterze podstawowym. Jest autorem licznych map historycznych, szczególnie w serii Atlas historyczny Polski, Mapy szczegółowe XVI wieku, której koncepcji był inicjatorem i współtwórcą.
W wyniku swoich prac badawczych ustalił miejsce pola elekcyjnego na Woli w Warszawie, które w 1997 zostało upamiętnione obeliskiem.
Henryk Rutkowski pomimo dużego dorobku naukowego nigdy nie występował o stopnie naukowe. Jest jednak uznanym autorytetem w swojej dziedzinie.
Działalność społeczno-polityczna Henryk Rutkowski całe życie był aktywny w stowarzyszeniach naukowych: od 1956 r. do 2022 zasiadał w Zarządzie Towarzystwa Miłośników Historii, w latach 1971–2018 był członkiem Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Historycznego, następnie został doradcą Zarządu. W 1956 r. zainicjował w PTH utworzenie miesięcznika historycznego „Mówią Wieki” i był członkiem redakcji pierwszego rocznika. W roku 2000 otrzymał prestiżową godność członka honorowego PTH.