W dniu 28 października wszystkie kompanie rozformowywanych batalionów winny odejść do miejsc nowego przeznaczenia.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 6 batalion celny wszedł w struktury 3 Brygady Celnej.
Uchwałą Rady Ministrów z dnia 23 maja 1922 bataliony celne zostały rozformowane, a na ich miejsce powołano jednostki graniczne Straży Granicznej. 6 batalion celny został zluzowany i zakończył służbę graniczną na granicy południowej 30 lipca 1922 o godzinie 12:00. W sierpniu został przeznaczony do wzmocnienia granicy wschodniej i przegrupowany z Sanoka do Szumska (stacja wyładowania Krzemieniec) do dyspozycji Wojewody Wołyńskiego. Po przybyciu na miejsce obsadził część powiatu krzemienieckiego. Wykonując rozkaz Głównej Komendy Straży Granicznej L.dz.6917/tj./org. z 11 września 1922, w dniu 28 września komenda 6 batalionu SG przybyła do Dederkał.
W połowie 1922 batalion został zluzowany przez jednostki Straży Celnej i przedyslokowany na wschodnią granicę.
Wykonując postanowienia uchwały Rady Ministrów z 23 maja 1922, Minister Spraw Wewnętrznych rozkazem z 9 listopada 1922 zmienił nazwę „Baony Celne” na „Straż Graniczna”. Wprowadził jednocześnie w formacji nową organizację wewnętrzną.