W sierpniu 1921 21 batalion celny został zluzowany przez Straż Celną i niedługo potem rozformowany. 1 i 2 kompania celna rozformowanego batalionu odeszła do 20 batalionu celnego, 3 kompania celna podporządkowana została 1 batalionowi celnemu, a 4 kc 2 batalionowi celnemu.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 1 batalion celny wszedł w strukturę 1 Brygady Celnej.
Późną jesienią 1921 1 batalion celny przekazał swój odcinek graniczny nowo powstałemu Inspektoratowi Straży Celnej „Chorzele”.
Rozporządzeniem MSWewn. z 21 grudnia 1921 zmieniono dotychczasowe ustalenia związane z przegrupowaniem batalionu na granicę wschodnią i po załadowaniu na stacji Raszujka, 27 grudnia batalion miał udać się nie do Lidy a do Mikaszewicz. W styczniu dowództwo batalionu przemieściło się do Korotycz, a kompanie odpowiednio do Korotycz, Kormy, Maleszewa i Radziwiłowicz. Z dniem 30 lipca 1922 o godzinie 12:00 batalion miał być zluzowany i na tym odcinku zakończyć służbę graniczną. Został zluzowany jesienią 1922 przez 19 batalion celny i przeszedł do odwodu celem gruntownego przeszkolenia i zdyscyplinowania.