Na początku lipca 1941 roku, po wkroczeniu wojsk niemieckich do Czortkowa, mieszkańcy udali się do więzienia przy ul. Mickiewicza. Początkowo gmach wydawał się całkowicie opustoszały. Wkrótce w jego piwnicach odnaleziono jednak zwłoki zamordowanych więźniów, a na dziedzińcu wewnętrznym – masowy grób zamaskowany świeżo posadzonymi rabatami kwiatowymi. Wiele odnalezionych zwłok nosić miało ślady tortur. Świadkowie twierdzili ponadto, że w jednej z cel enkawudziści zamurowali więźniów żywcem; rzekomo odnaleźć tam miano kilka żywych osób i około 100 ciał (prawdziwość tego typu doniesień kwestionuje jednak Bogdan Musiał).
Dokładna liczba więźniów zamordowanych bezpośrednio na terenie więzienia pozostaje trudna do ustalenia. W raportach NKWD brak informacji o egzekucjach w samym Czortkowie. Naoczni świadkowie relacjonowali natomiast, że w więzieniu odnaleziono kilkaset zwłok. Okręgowa Komisja Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Łodzi, która w latach 90. XX wieku prowadziła śledztwo w sprawie tej zbrodni, szacowała, że w gmachu przy ul. Mickiewicza zamordowano od 100 do 200 więźniów.