Filogenetyka W pracy dotyczącej badań filogenetycznych żarłaczowatych na podstawie cech morfologicznych, opublikowanej w 1982 roku, Jack Garrick uznał C. fitroyensis i C. porosus za taksony siostrzane dla kladu tworzonego przez C. sealei, C. acronotus i C. dussumeri. W 1988 roku Leonard Compagno, opierając się na fenetycznych badaniach, umieścił gatunek ten w grupie wraz z C. sorrah, C. sealei, C. borneensis, C. porosus, C. dussumeri, C. macloti i C. hemiodon. Analiza filogenetyczna na podstawie danych allozymowych, opublikowanych przez Shane Lavery w 1992 roku, wskazuje, że gatunek ten najbliżej spokrewniony jest z C. cautus i C. melanopterus.
Z badań molekularnych czterech loci mitochondrialnych (COI, NADH-2, CytB, 16S RNA) oraz jednego locus jądrowego (Rag-1), opublikowanych przez Ximenę Vélez-Zuazoa and Ingi Agnarsson w 2011 wynika, że C. fitzroyensis jest taksonem siostrzanym dla kladu, w skład którego wchodzi C. tilstoni, C. amblyrhynchoides i żarłacz czarnopłetwy (C. limbatus). Założenie to potwierdził w 2012 roku Gavin Naylor z współpracownikami, dodając do tego kladu również C. leiodon i wskazując, że C. fitzroyensis jest najbardziej bazalnym spośród tych pięciu gatunków i oddzielił się od pozostałych 25-23 miliony lat temu.