4 kwietnia 2011 roku EXA zaprezentowała gotowy, zmontowany egzemplarz satelity. Początkowo planowano go wystrzelić w drugiej połowie 2012 roku za pomocą ukraińsko-rosyjskiej rakiety Dniepr, lecz wskutek opóźnień u rosyjskiego operatora zdecydowano o zmianie na chińską rakietę Chang Zheng 2D.
Przebieg misji Start odbył się 26 kwietnia 2013 roku z chińskiego kosmodromu Jiuquan. Wraz z NEE-01 Pegaso na orbitę wystrzelono chińskiego satelitę obserwacji Ziemi Gaofen-1 oraz dwa inne CubeSaty: tureckiego Turksat-3USAT i argentyńskiego CubeBug-1.
Satelita przesłał pierwsze transmisje wideo 16 maja 2013 roku, obraz z satelity na bieżąco był udostępniany przez Internet.
Zderzenie z kosmicznymi śmieciami Po zaledwie kilku dniach pracy, 22 maja 2013 roku NEE-01 Pegaso przeleciał przez chmurę kosmicznych śmieci towarzyszącą górnemu członowi radzieckiej rakiety Cyklon-3 wystrzelonej w 1985 roku i zderzył się z odłamkami. Satelita przetrwał zderzenie, lecz utracił wysokość i wpadł w niekontrolowany ruch obrotowy. Kontakt z nim został utracony. Po bezowocnych próbach nawiązania łączności z satelitą z Ziemi, zdecydowano podjąć próbę kontaktu za pomocą bliźniaczego satelity NEE-02 KRYSAOR, który był akurat przygotowywany do startu w listopadzie.