Kanału Bydgoskiego (24 km) łączącego Brdę z Notecią, dolny odcinek rzeki stał się fragmentem spławnej drogi wodnej Wisła – Odra, łączącej dorzecza Europy Zachodniej z siecią Wisły. Na styku Kanału i Brdy powstała Śluza Miejska. W XIX wieku na Brdzie rósł ruch towarowy, jak również pasażerski. W 1855 r. uruchomiono pierwszy statek parowy. W latach 1876–1879 dokonano regulacji rzeki na odcinku od Śluzy Miejskiej do Wisły. W pobliżu ujścia zbudowano jazy iglicowe oraz dwie śluzy: Brdyujście oraz Kapuściska, które podpiętrzyły rzekę tworząc port drzewny. W 1895 r. skrócono trasę żeglugi poprzez przekop meandru w rejonie ul. Spornej. Powstała wówczas wyspa na Zimnych Wodach. W tym czasie przy ul. Spornej powstał port rzeczny Żeglugi Bydgoskiej. W latach 1905–1906 jazy iglicowe i śluzę Kapuściska zastąpiono jazem walcowym Czersko Polskie, wskutek czego powiększeniu do 95 ha uległ port drzewny. Poziom Brdy od ujścia do centrum Bydgoszczy został uniezależniony do sytuacji hydrologicznej na Wiśle. W II połowie XIX i na początku XX wieku Brdą transportowano masowo drewno pochodzące z Królestwa Kongresowego do Berlina. Roczny spław tego surowca przez śluzę Brdyujście wynosił w czasach eksploatacji portu drzewnego (1879–1916) przeciętnie 2–3 mln m³. W 1905 r. wzrósł do 4,5, a w 1906 r.