Sacewicz po wyjściu na wolność miał pretensje do Bajeńskiego, że „wprowadził Kościół do Babilonu”.

W latach 1953–1962 należał do ścisłego kierownictwa ZKE i był wtedy jednym z wiceprezesów tego Kościoła. Sprawował też funkcję okręgowego w kilku różnych okręgach (pomorski w latach 1953–1956, olsztyński i białostocki w latach 1956–1959, bydgoski i lubelski w latach 1959–1962). Był w wieloletnim konflikcie z Sacewiczem. Ze względu na ten konflikt w 1962 roku Naczelna Rada ZKE musiała narzucić komisarycznego przełożonego zboru przy ul. Puławskiej 114. Został nim Kazimierz Muranty. W 1965 roku przełożonym został Sacewicz, a Bajeński jego zastępcą.

W sierpniu 1956 roku pojawiły się w Kościele tendencje separatystyczne, wspierane przez współwyznawców z USA, jednak pozycja Bajeńskiego była na tyle silna, że nie dopuścił do wystąpienia ZKCh z ZKE. R.J. Smith, z ramienia „Church of Christ”, proponował Bajeńskiemu, by wyprowadził zbory chrystusowe ze struktur ZKE i utworzył niezależny Kościół. Obiecał mu w zamian pomoc materialną, lecz Bajeński odmówił.

Zmarł w Warszawie 27 listopada 1971 roku. Pochowano go na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie (kwatera 8-1-1) śp.