Od 10 kwietnia 1919 roku został tam wybrany rektorem i godność tę piastował do 15 czerwca 1921 r. Pod jego rządami rozpoczęła się restrukturyzacja Instytutu. Przede wszystkim dokonano reorganizacji Rady Instytutu. Po raz pierwszy wzięli w nim udział nauczyciele i studenci. Wiosną 1919 Rada Instytutu składała się z 59 profesorów i nauczycieli oraz 20 studentów, stając się organem reprezentacyjnym kadry dydaktycznej i studentów. W kwietniu 1919 r. w Instytucie powołano specjalną komisję pod przewodnictwem rektora, która miała zreformować nauczanie i zreorganizować proces edukacyjny. Ustanowiono pięcioletni okres szkolenia i wprowadzono po raz pierwszy specjalizację w zakresie komunikacji lądowej, komunikacji wodnej i obiektów inżynierskichСтанислав Константинович Куницкий, Ректоры университета, Петербургский государственный университет путей сообщения Императора Александра.