Nowi gospodarze świątyni prawdopodobnie przeprowadzili w niej niezbędne prace konserwatorskie.
Obecny kościół W 1506 został opracowany kompleksowy program przebudowy kompleksu kościelno-klasztornego, któremu patronował z jednej strony przeor zgromadzenia, Antonio Contarini (późniejszy patriarcha Wenecji), a drugiej – architekci: Giorgio Spavento, pomysłodawca projektu oraz jego następcy, Pietro Lombardo i jego syn Tullio oraz Jacopo Sansovino. Model planimetryczny nawiązywał do kościoła św. Marka; odwoływał się także do kultu starożytnego patrona Wenecji, św. Teodora. Jako datę położenia kamienia węgielnego wybrano 25 marca – rocznicę założenia miasta; wszystko to razem miało podkreślać status nowego kościoła jako świątyni narodowej, w politycznej opozycji do Rzymu. W 1520 roku ukończono apsydę, co umożliwiło odprawianie mszy, w 1530 roku ukończono chór, w 1532 boczny portal, wychodzący na Marzaria, a w 1534 roku ołtarz główny.
Fasada została przebudowana w latach 1649–1663 według projektu Giuseppe Sardiego z dekoracją rzeźbiarską Bernarda Falcone.