Tryb życia Chomicznik dżungarski prowadzi nocny i zmierzchowy tryb życia. Żyje w koloniach. Aktywność życiową wykazuje przez cały rok. Nie hibernuje. Zimą oddala się od nory w poszukiwaniu pożywienia. Naukowcy zaobserwowali chomicznika w odległości ponad 300 m od nory, a jeden z okazów został schwytany na powierzchni terenu nawet przy temperaturze powietrza -40° C. Przed zimą chomicznik dżungarski gromadzi dużą ilość tłuszczu podskórnego, który pomaga mu przetrwać w niskich temperaturach.
Samice stanowią ponad 50% dziko żyjących populacji, być może z powodu większej mobilności samców, a tym samym większego narażenia na ataki drapieżników. Jest gatunkiem podatnym na udomowienie. W niewoli dobrze się rozmnaża.
Cykl życiowy thumb|Młode, dwudniowe chomiczniki dżungarskie Między kwietniem a wrześniem samica rodzi 5 do 6 miotów po 4–11 młodych, więc płodność tego gatunku jest stosunkowo wysoka. Ciąża trwa 18–20 dni lub 20–22 dni. Młode przystępują do rozrodu, gdy masa ich ciała osiągnie około 20 g.