Swoje prace publikował w takich czasopismach jak m.in. „Journal of the ACM”, „ACM Transactions on Algorithms”, „Algorithmica” oraz „Theoretical Computer Science”.
Laureat pierwszej edycji Nagrody im. Witolda Lipskiego (2005). Jego zespół zdobył II miejsce (1998) w Akademickich Mistrzostwach Polski w Programowaniu Zespołowym. W 2010 otrzymał grant Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych w celu rozwoju biblioteki algorytmów aproksymacyjnych (projekt „PAAL – Practical Approximation Algorithms Library”), zaś w 2015 jako jedyny Polak otrzymał grant Proof of Concept ERC na komercjalizację wyników badań z poprzedniego grantu. W 2023 otrzymał czwarty w karierze grant ERC, jako jedyny naukowiec w Polsce.
W 2021 został prezesem nowo utworzonego ośrodka badawczo-rozwojowego IDEAS NCBR, oraz liderem grupy badawczej "Inteligentne algorytmy i struktury danych". Po zakończeniu w 2024 swojej pierwszej kadencji na stanowisku prezesa IDEAS NCBR, ubiegał się o nie ponownie. Konkurs wygrał jednak dr hab. inż. Grzegorz Borowik, a Sankowski ogłosił, że odchodzi z tej instytucji. W reakcji na informacje o zmianie w kierownictwie ośrodka, z zasiadania w radzie naukowej IDEAS zrezygnowało sześcioro jej członków, m.in.