Historia Pochodzenie amerykańskiego bobtaila nie zostało do końca wyjaśnione i jest słabo udokumentowane. Według miejskiej legendy amerykańskie bobtaile powstały w wyniku skrzyżowania domowego kota pręgowanego i dzikiego rysia. Najprawdopodobniej odmienny krótki ogon, przypominający ogon rysia, powstał w rezultacie przypadkowej, spontanicznej mutacji genetycznej wewnątrz populacji kotów domowych, albo jest powiązany z dominującym genem kotów rasy Manx.
Pierwotna linia amerykańskich kotów bobtail o krótkim ogonie powstała gdy Yodie, brązowy kocur pręgowany z krótkim ogonem, pokrył samicę kota syjamskiego o typowym umaszczeniu z ciemniejszą maską, uszami, łapami i ogonem. Większość wczesnych linii hodowlanych amerykańskich bobtaili nie była jednak dalej kontynuowana.
W połowie lat 80. XX wieku hodowcy odstąpili od pierwotnego standardu wyglądu amerykańskiego bobtaila ze względu na trudności z doborem właściwych osobników rodzicielskich oraz następstwa chowu wsobnego. Pierwotny wygląd amerykańskiego bobtaila został więc zmodyfikowany przez hodowców. Nowy i uszlachetniony amerykański bobtail może mieć praktycznie wszystkie rodzaje umaszczenia.