Benfica CSM Bukareszt SKA Mińsk RK Nexe Našice St. Petersburg HC ØIF Arendal HC Sporta Hlohovec Talent Pilzno Górnik Zabrze Füchse Berlin KIF KoldingTrzecia runda kwalifikacyjna Frisch Auf! GöppingenOT CB Ademar León Saint-Raphaël Var Handball MT Melsungen Helvetia Anaitasuna FC Midtjylland RD Riko Ribnica Grundfos Tatabánya KC Azoty-Puławy SC Magdeburg BM Granollers GOG RK Gorenje Velenje Bregenz Handball Riihimäki Cocks Maccabi Castro Tel Awiw Uwagi/legenda OT Obrońca tytułu
System rozgrywek Puchar EHF piłkarzy ręcznych w sezonie 2016/2017 składał się z czterech faz: trzech rund kwalifikacyjnych do fazy grupowej, fazy grupowej, fazy pucharowej oraz turnieju finałowego. Rundy kwalifikacyjne: uczestniczyły łącznie 63 drużyny. W pierwszej rundzie kwalifikacyjnej wzięło udział 30 drużyn. Do drugiej rundy awansowali zwycięzcy dwumeczów. W drugiej rundzie kwalifikacyjnej udział wzięły 32 drużyny: 15 drużyn z pierwszej rundy i 17 następnych drużyn z zestawienia EHF, w tym dwie ostatnie drużyny z turniejów kwalifikacyjnych EHF Ligi Mistrzów 2016/2017. Zwycięzcy dwumeczów awansowali do trzeciej rundy. W trzeciej rundzie udział wzięły 32 drużyny: 16 drużyn z drugiej rundy i 16 następnych drużyn z zestawienia EHF, w tym obrońca tytułu oraz pozostali przegrani z turniejów kwalifikacyjnych EHF Ligi Mistrzów.