Sieciowanie (utrwalanie) białek z DNA. Najczęściej stosuje się w tym celu formaldehyd, powodujący łączenie sąsiadujących ze sobą aminowych grup reszt lizyny. Sieciowanie przerywa się przez dodatek glicyny. Warunki sieciowania ustala się empirycznie Lizę komórek w obecności inhibitorów proteaz. Fragmentację. Kompleksy DNA-białka przecinane są na fragmenty ok. 400-500 bp za pomocą sonikacji lub enzymatycznego trawienia nukleazami. W przypadku stosowania sonikacji próbkę umieszcza się w lodzie i stosuje kilka-kilkanaście cykli sonikacji z przerwami na ochłodzenie. Na ogół nie stosuje się enzymatycznych metod fragmentacji po stosowania formaldehydu. Immunoprecypitację. Do pofragmentowanych kompleksów DNA-białka dodaje się specyficzne przeciwciała rozpoznające badane białko. Następnie próbki inkubuje się z kulkami magnetycznymi opłaszczonymi białkami o dużym powinowactwie do przeciwciał (białko A, białko G). Kompleksy przeciwciało-białko-DNA izoluje się za pomocą magnesów. Inną metodą jest zastosowanie agarozy opłaszczonej tymi białkami. Oczyszczanie immunoprecypitatów. Likwiduje się wiązania wytworzone przez formaldehyd, usuwa białka (np. z użyciem proteinazy K) oraz oczyszcza DNA do dalszej analizy. Analizę otrzymanego DNA. W tym celu dla pojedynczych sekwencji stosuje się PCR, ilościowy PCR, techniki hybrydyzacyjne.