(1 drużyna)W przypadku gdy zwycięzca Pucharu danego kraju uzyskiwał jednocześnie prawo gry w Lidze Mistrzów miejsce to przechodziło na drużynę sklasyfikowaną na miejscu 5.
Pozostałe 32 drużyny wyłoniono w następujących sposób: 22 drużyny, które wywalczyły awans poprzez fazę kwalifikacyjną. 10 drużyn, które odpadły w rundzie play-off kwalifikacji do Ligi Mistrzów.
Podział na koszyki Drużyny zostały podzielone na koszyki na podstawie współczynnika UEFA na rok 2016. Począwszy od poprzedniego sezonu zwycięzca ubiegłej edycji Ligi Europy nie bierze automatycznie udziału w fazie grupowej tych rozgrywek.
Kolory w tabeliZespoły zakwalifikowane do udziału w fazie grupowej poprzez awans z kwalifikacjiZespoły zakwalifikowane do udziału w fazie grupowej poprzez odpadnięcie w „ścieżce mistrzowskiej” kwalifikacji do Ligi Mistrzów UEFA (2016/2017)Zespoły zakwalifikowane do udziału w fazie grupowej poprzez odpadnięcie w „ścieżce ligowej” kwalifikacji do Ligi Mistrzów UEFA (2016/2017) Koszyk 1 Drużyna FC Schalke 04 96,035 Zenit Petersburg 93,216 Manchester United 82,256 Szachtar Donieck 81,976 Athletic Bilbao 75,142 Olympiakos SFP 70,940 Villarreal CF 60,142 Ajax 58,112 Inter Mediolan 58,087 Fiorentina 57,087 RSC Anderlecht 54,000 Viktoria Pilzno 44,585 Koszyk 2 Drużyna AZ Alkmaar 43,612 SC Braga 43,116 Red Bull Salzburg 42,520 Roma