(3 drużyny) zwycięzcy edycji 2015/2016 Ligi Europy UEFA (1 drużyna)
Pozostałe 10 drużyn zostało wyłonionych w fazie kwalifikacyjnej.
Legia Warszawa wystąpiła w fazie grupowej jako pierwszy polski zespół od sezonu 1996/1997, kiedy na tym etapie rozgrywek rywalizował Widzew Łódź.
Podział na koszyki W tegorocznych zmaganiach zastosowano dokładnie ten sam sposób rozstawienia w koszykach co w ubiegłym roku. Mistrzowie lig z federacji sklasyfikowanych na miejscach 1.-8. w rankingu lig krajowych UEFA na rok 2016 mieli zagwarantowane miejsce w pierwszym koszyku. Ponieważ jednak obrońca tytułu w Lidze Mistrzów – Real Madryt nie został mistrzem ligi hiszpańskiej, mistrz federacji z 8. miejsca (Ukrainy) – Dynamo Kijów został usunięty z pierwszego koszyka. Pozostałe koszyki zostały rozdzielone na podstawie współczynników UEFA na sezon 2016/2017 klubów zakwalifikowanych do udziału w fazie grupowej.