Malowidła Veronese wzbudziły ogromne zainteresowanie od momentu ich wykonania, były podziwiane przez tłumy zwiedzających i kopiowane przez wielu artystów i studentów Accademia Veneziana.
Po śmierci w 1588 roku Veronese został w kościele San Sebastiano pochowany; jego grobowiec znajduje się w posadzce, naprzeciwko kaplicy Lando. Razem z nim pochowany został jego brat, Benedetto Caliari, również malarz, który pomagał mu przy dekoracji stropu.
Zasypanie na początku XIX wieku kanału Rielo de San Bastian i częściowej rozbiórki niektórych stojących nad nim zabudowań spowodowało utworzenie za kościołem obecnego placu Campazzo San Bastian. Po upadku Rzeczypospolitej Weneckiej w 1797 roku i w następstwie promulgacji dekretów napoleońskich w 1810 roku kościół oraz klasztor zostały zniesione. Kościół później został ponownie otwarty dla kultu, tym razem jako kościół filialny, najpierw kościoła San Trovaso, a następnie kościoła San Raffaele Arcangelo. Klasztor został częściowo rozebrany, po czym w 1856 roku przebudowany. W jego budynku mieści się obecnie Wydział Literatury i Filozofii Uniwersytetu w Wenecji.