Modernizacje W latach 1964 i 1967 przeprowadzono modernizacje reaktora – m.in. wprowadzono paliwo wzbogacone do 36% – zestawy paliwowe typu WWR-SM, dodano reflektor berylowy. Uzyskano wzrost mocy do poziomów 4 MW w roku 1964, a następnie w roku 1967 początkowo do 8 MW, później do 10 MW. Zwiększono strumień neutronów do 8 neutronów/s×cm². Od roku 1992 stosowano nieznacznie zmodyfikowane zestawy paliwowe typu WWR-M2.
Eksploatacja Reaktor EWA rocznie pracował około 3500 godzin. Nigdy nie uległ awarii.
Reaktor był wykorzystywany przede wszystkim do produkcji izotopów promieniotwórczych. Izotopy wytwarzane w reaktorze EWA, podobnie jak obecnie w reaktorze Maria, stosowane były w medycynie, przemyśle i innych dziedzinach nauki – do leczenia nowotworów, prześwietlania spoin, odlewów, kontroli grubości blach walcowanych.
Przeprowadzano szereg badań związanych z techniką reaktorową i energetyką jądrową. Badania materiałów obejmowały pomiary parametrów neutronowych (spowalniania i dyfuzji), pomiary właściwości jądrowych materiałów konstrukcyjnych i pochłaniających, badanie uszkodzeń materiałów pod wpływem promieniowania. W tzw. pętli energetycznej badano chłodziwa i moderatory, poddając je działaniu dużych strumieni neutronów.