Na tym jej odcinku znajdują się wyjątkowo liczne ostoje bobrów.
Wpływając do jeziora Wigry, nanosi do zatoki Hańczańskiej duże pokłady swego charakterystycznego ciemnego mułu, tworząc bezpośrednio pod powierzchnią wody niebezpieczne dla pływających zabagnienie. Z Wigier wypływa u zarania południowego stoku półwyspu Wigry, nieopodal b. klasztoru kamedułów.
Na odcinku za jeziorem Wigry Czarna Hańcza jest jednym z najsłynniejszych polskich nizinnych szlaków kajakowych. Najpierw bardzo powoli płynie wśród rozlewisk i podmokłych łąk (spadek 0,03‰), by za Wysokim Mostem lekko przyspieszyć swój bieg w dolinie wcinającej się bardzo malowniczo w Puszczę Augustowską. Na tym odcinku rzeka silnie meandruje. Na wysokości wsi Rygol włącza się w system Kanału Augustowskiego i kieruje do granicy białoruskiej doprowadzając jej wody do Niemna na granicy litewsko-białoruskiej przy miejscowości Warwiszki (po stronie litewskiej) i Sieniewicze (po stronie białoruskiej). Stan czystości rzeki poniżej ujścia ścieków z oczyszczalni miejskiej uległ poprawie ze względu na znaczne obniżenie zawartości związków fosforu i azotu w ściekach.