Około 1570 kampania przeciwko żydowskim konwertytom wygasła. Przez następnych około 40 lat uwaga inkwizytorów Murcji zwrócona była głównie na przesiedlone z regionu Grenady grupy morysków (tj. chrześcijan arabskiego pochodzenia), których podejrzewano (nie bez powodów) o potajemne wyznawanie islamu. Tę społeczność wygnano jednak całkowicie z Hiszpanii w latach 1609–1614. W ciągu XVII i XVIII wieku aktywność inkwizycji w Murcji malała systematycznie. Przejściowe ożywienie miało miejsce w latach 20. XVIII wieku, gdy przez Hiszpanię przetoczyła się ostatnia fala prześladowań rzekomych potajemnych wyznawców judaizmu.
4 grudnia 1808 nowy, pronapoleoński król Hiszpanii Józef Bonaparte zniósł inkwizycję. Jego zarządzenie weszło jednak w życie tylko na obszarach kontrolowanych przez wojska napoleońskie. Murcja została zajęta przez nie dopiero w 1812 i wtedy po raz pierwszy zniesiono miejscowy trybunał inkwizycyjny. Po wygnaniu Francuzów z Hiszpanii w 1814 król Ferdynand VII Hiszpański przywrócił w całym kraju inkwizycję (w tym trybunał w Murcji), jednak w 1820 zniesiono ją definitywnie.