Podczas okupacji udało mu się doprowadzić do powstania badawczej stacji hydrobiologicznej w Lázně Bohdaneč, którą zlikwidowano po wojnie. W 1945 obronił pracę doktorską w dziedzinie nauk przyrodniczych, dwa lata później habilitował się w zakresie Hydrobiologii w Kolegium Inżynierii Rolnictwa i Leśnictwa Politechniki Czeskiej w Pradze i uzyskał stanowisko docenta. Obrawszy za przedmiot swoich badań mikroorganizmy żyjące w stawach postanowił w 1950 opuścić Pragę i przenieść się do Sedlice koło Blatnej, w latach 1951–1958 prowadził badania założonej przez siebie terenowej stacji biologicznej, która stanowiła część Centralnego Instytutu Biologicznego. Po powstaniu Czechosłowackiej Akademii Nauk przeniósł się stacji badawczej zlokalizowanej w pobliżu miasta Třeboň. Równocześnie po sześciu lata powrócił do pracy pedagogicznej, rozpoczął wykłady na Wydziale Nauk Biologicznych Uniwersytetu Karola w Pradze. Od 1958 poświęcił się całkowicie pracy na uczelni, stanął na czele Katedry Hydrobiologii na Wydziale Zoologii.