Ostatni mecz w swojej karierze poprowadził dnia 15 maja 1998 roku na Stadio Via del Mare w Lecce w spotkaniu 34. kolejki Serie A US Lecce – Piacenza Calcio (1:3)Pierluigi Pairetto – Serie A 1997/1998 .. Łącznie w karierze sędziowskiej prowadził 281 meczów oraz pokazał 647 żółtych i 50 czerwonych kartek.
Po zakończeniu kariery Pierluigi Pairetto po zakończeniu kariery zasiadał w Wydziale Arbitrażowym FIGC, gdzie w latach 1998–1999 wyznaczał sędziów Serie C, a w latach 1999–2005 wraz z Paolo Bergamo wyznaczał sędziów Serie A i Serie B oraz w latach 2002–2006 był wiceprzewodniczącym Komitetu Sędziowskiego UEFA.
Afera Calciopoli Pierluigi Pairetto był również zamieszany w aferę Calciopoli w 2006 roku, w wyniku częstych kontaktów z prezesem Juventusu Turyn – Luciano Moggim został odwołany z funkcji wiceprzewodniczącego Komitetu Sędziowskiego UEFA, na której zastąpił go Pierluigi Collina.