Ferdynand wiele cech odziedziczył po swojej awanturniczej matce – był przystojny, dobrze jeździł konno i miał niewątpliwy talent muzyczny – wielokrotnie śpiewał przygrywając sobie na klawesynie, niekiedy z powodzeniem komponując muzykę dworską. Jego nauczycielami byli Gianmaria Paliardi z Genui i Piero Salvetti, którzy sami byli kompozytorami.
Poza muzyką Ferdynand wkrótce zaczął wikłać się w dworskie spiski i intrygi, na co niechętnie patrzył jego władczy ojciec. Medyceusz był homoseksualistą i wiadomo, że szczególnie upodobał sobie kastratów – najsłynniejszy związek połączył go z weneckim śpiewakiem operowym Cecchino, który wywierał na niego ogromny wpływ i słynnym z urody muzykiem Petrillo. Wuj Ferdynanda Franciszek Maria Medyceusz, starszy od niego o zaledwie trzy lata wywierał znaczny wpływ na jego życie.
W 1689 roku poślubił Jolantę Beatryczę Bawarską, bezbarwną córkę bawarskiego elektora Ferdynanda Marii i jego żony Henrietty Adelajdy Sabaudzkiej. Mimo że księżna również lubiła muzykę i kochała męża, jej uczucia nigdy nie zostały odwzajemnione, a ich małżeństwo było nieszczęśliwe i pozostało nieskonsumowane.
W 1696 roku Ferdynand wyjechał do Wenecji, gdzie zakochał się w znanej śpiewaczce zwanej La Bambagia.