Do zaprogramowania FPGA służy plik binarny, który zawiera informacje o konfiguracji układu.
Układy rekonfigurowalne można podzielić ze względu na rodzaj technologii wykorzystywanej w celu pamiętania swojej konfiguracji: SRAM – bazuje na technologii pamięci statycznej, dlatego przy braku zasilania tracą swoją konfigurację EPROM – zazwyczaj programowalne tylko raz, ewentualnie można wykasować ich konfigurację przy pomocy promieniowania ultrafioletowego EEPROM – wielokrotnego użytku, zachowują swoją konfigurację przy braku zasilania FLASH – wielokrotnego użytku. Zazwyczaj komórki FLASH są mniejsze niż odpowiadające im komórki EEPROM, dlatego układy takie są tańsze do wyprodukowania. przepalenia (ang. fuse), udrożnienia (ang. anti-fuse) – programowalne tylko raz. Jest to stary typ technologiczny, ale nadal chętnie wykorzystywany przez wojsko z uwagi na wysoką odporność na impuls elektromagnetyczny z broni nuklearnej. W układach tego typu podczas programowania następuje „przepalenie” wybranych wewnętrznych rezystorów (typowo 300 Ω) połączeniowych, co skutkuje trwałością i nieodwracalnością zapisu układu.