thumb|240px|Kapitulacja Malty przed generałem Bonaparte Po otrzymaniu takiej odpowiedzi Bonaparte natychmiast rozkazał rozpocząć ostrzeliwanie Valletty przez swoje okręty, a 11 czerwca generał Louis Baraguey d’Hilliers rozpoczął operację desantową, w której kilka tysięcy żołnierzy wylądowało w siedmiu strategicznych miejscach na wyspie. Francuscy rycerze Zakonu zdezerterowali, a pozostali nie zorganizowali znaczącego oporu. Około dwóch tysięcy Maltańczyków stawiało opór przez 24 godziny, lecz wycofali się do Valletty, kiedy miasto Mdina zostało zdobyte przez generała Claude-Henri Belgrand de Vaubois. Valletta była wystarczająco mocna, aby wytrzymać długie oblężenie, Napoleon negocjował więc poddanie miasta z Wielkim Mistrzem Hompeschem, który zgodził się przekazać Maltę wraz ze wszystkimi zasobami i bogactwami Francuzom w zamian za posiadłości we Francji i rekompensaty finansowe dla siebie i swoich rycerzy. Bonaparte pozostawił na wyspie garnizon w liczbie 3 tys. żołnierzy z generałem Vaubois na czele, a sam z resztą sił ekspedycyjnych wypłynął 19 czerwca do Aleksandrii.