Ekologia i zachowanie Muszkatele brodawkowate zamieszkują przeważnie niewielkie wysepki o niskiej wysokości maksymalnej nad poziomem morza i różnorodne obszary zadrzewione. Zasiedlają zarówno pierwotne lasy, zarośla wtórne, parki, suche lasy na wybrzeżach, zakrzewienia, jak i obszary upraw oraz porzucone plantacje palm kokosowych. Jest to głównie gatunek nizinny, jednak na większych wyspach pojawia się niekiedy także w lasach górskich; na Vanuatu odnotowywano te gołębie na 1000 m n.p.m. i wyżej. Lot jest szybki i prosty. Na Fidżi muszkatele brodawkowate występują na 30 wyspach wolnych od krogulców rdzawoszyich, jednak nie występują na żadnej, gdzie pojawiają się te drapieżniki.
Pożywienie W tropikalnej części Pacyfiku muszkatele brodawkowate pełnią ważną funkcję w ekosystemie, roznosząc nasiona z owoców (endochoria) na znaczne odległości. W przypadku wysp Tonga na krótkie dystanse nasiona przenosić mogą kraby i zawleczone na wyspy szczury (choć większość nasion ulega zniszczeniu), jednak na większe odległości nasiona przenoszą tylko dwa gatunki: muszkatela brodawkowata i rudawka pacyficzna (Pteropus tonganus).