W 1860 parafia leżała w dekanacie święciańskim diecezji wileńskiej, posiadała kaplicę w Szylwie. 22 lipca 1862 roku parafię wizytował bp Adam Stanisław Krasiński.
W 1880 parafia liczyła 7065 wiernych zamieszkałych w 3440 domach (M = 3481, K = 3584), posiadała kaplice w miejscowościach Szylwa i Olechniszki. W 1910 istniała również kaplica cmentarna w Kamajsku. W 1915 roku wikariuszem był ks. Konstanty Stepowicz, białoruski działacz narodowy.
W 1938 istniały cztery kaplice filialne parafii w miejscowościach Komaje, Szyłwa, Olechniszki i Serenczany. W latach 1939–1940 wikariuszem, a następnie pełniącym obowiązki proboszcza był ks. Jan Laska. Od stycznia 1944 roku był on kapelanem oddziału Armii Krajowej dowodzonego przez Zygmunta Szendzielarza „Łupaszkę”, a od lutego do lipca tego roku służył w 6 Brygadzie AK.
W 1985 roku kościół odrestaurowano z funduszów państwowych i zwrócono wiernym.
W 2014 roku w Komajach obchodzono 50 rocznicę śmierci urodzonego tutaj muzyka Bronisława Rutkowskiego. W kościele odbyła się msza święta i koncert muzyki organowej. Imię Rutkowskiego nadano skwerowi przy kościele.