między „białą różą” a „czerwoną różą”) są istotne, w odróżnieniu od abstrakcyjnej różnicy między odległymi taksonami.

Bywa, że mimo istnienia drzewa hierarchii taksonów nadrzędnych i podrzędnych, niektóre taksony się z niej wyłamują. W hongkońskiej taksonomii zwierząt wodnych wyróżnia się 6 głównych taksonów wyższego rzędu odpowiadających w przybliżeniu takim taksonom jak ryby, kraby, pozostałe skorupiaki, ślimaki, ostrygi, pozostałe małże. Natomiast zwierzęta takie jak skrzypłocze, rozgwiazdy czy meduzy leżą poza systemem. W innych językach również istnieją takie taksony, zwłaszcza dotyczy to taksonów niepasujących do ogólnych kryteriów, jak np. bambus czy kaktus, które nie mają cech typowego drzewa, trawy czy krzewu.

W taksonomii ludowej typowe jest współistnienie nazw jednoczłonowych (np. „klon”) i dwuczłonowych (np. „klon cukrowy”). W języku angielskim za jednoczłonowe uważa się również wyrazy złożone jak „tuliptree” czy „beggar-tick”. Pierwszy z nich jest przykładem, gdy jeden człon wyrazu jest nadrzędny wobec drugiego – „tuliptree” ('tulipanowiec' – morfologicznie 'drzewo tulipanowe'), to rodzaj drzewa („tree”), podczas gdy drugi jest przykładem innego rodzaju, gdyż „beggar-tick” ('uczep' – morfologicznie 'żebraczy kleszcz') nie jest rodzajem kleszcza („tick”).