Po raz drugi możliwość utworzenia polskiego konsulatu pojawiła się po aneksji obszaru przez III Rzeszę (od 15 lutego 1939), który mieścił się w hotelu Victoria przy Palangos g./Polangenstraße 5, obecnie S. Šimkaus g. 2wg innego źródła siedziba urzędu w tym okresie mieściła się przy Moltkestrasse 3, obecnie Manto g., vide: Paweł Ceranka, Krzysztof Szczepanik (opr.): Urzędy konsularne Rzeczypospolitej Polskiej 1918-1945 : informator archiwalny, Ministerstwo Spraw Zagranicznych/Naczelna Dyrekcja Archiwów Państwowych Warszawa 2020.
Od 2004 jego tradycje podtrzymywał w Kłajpedzie Konsulat Honorowy RP, z siedzibą przy Kalvos gatve 4, kierowany przez konsula honorowego Tadeusza Macioła. W 2014 podniesiono jego rangę do Konsulatu Generalnego RP. 30 czerwca 2016 placówka została zlikwidowana.
Kierownicy placówki 1921–1923 – dr Marceli Szarota, delegat rządu RP (1876–1951) 1921–1922 – Kazimierz Mahler, wicekonsul/kier. wydz. konsularnego 1922–1923 – Wojciech Wołowski, sekretarz konsularny/wicekonsul/kier. wydz.