Miasto Senglea i jego fortyfikacje zostały zbudowane jako efekt ataku osmańskiego na Maltę i Gozo w 1551 r. Po odparciu najeźdźców Rycerze św. Jana uświadomili sobie potrzebę zbudowania większych instalacji ochronnych, i już rok później rozpoczęto budowę dwóch fortów. Pierwszym z nich był Fort Saint Elmo na końcu półwyspu Sciberras (teraz Valletta), a drugim był Fort Saint Michael, zbudowany na półwyspie znanym jako l'Isola. W roku 1553 rozpoczęto opasywanie całego półwyspu fortyfikacjami, wewnątrz których rozwinęło się później miasto. Zostało nazwane Senglea, na cześć rządzącego Wielkiego Mistrza Claude’a de la Sengle.
Miasto odegrało ważną rolę podczas Wielkiego Oblężenia Malty 1565 roku, kiedy było wielokrotnie atakowane przez wojska Turków osmańskich. Nie zostało zdobyte, i otrzymało tytuł Città Invicta (Miasto Niezwyciężone). Po oblężeniu Zakon rozpoczął budowę swej nowej stolicy - Valletty, a Senglea została zaniedbana. Architekt Francesco Laparelli proponował nawet zrównanie miasta z ziemią. Na szczęście jego pomysł został odrzucony i, do roku 1581, system obronny miasta został odbudowany.