Stacja w Valletcie znajdowała się w okolicy skrzyżowania ulic Strada Vittoria (obecnie Triq l-Ordinanza / Ordnance Street) oraz Strada Reale (obecnie Triq Ir-Repubblika / Republic Street). Linia, po opuszczeniu stacji znajdującej się poniżej poziomu ulicy, przekraczała mostem fosę, a następnie wchodziła do tunelu o długości 835 metrów biegnącego pod murami miejskimi oraz miastem Floriana. Stacja we Florianie znajdowała się w tunelu, około 130 metrów przed jego końcem. Linia wychodziła na powierzchnię koło Bastionu św. Filipa, przecinała ulicę, a następnie zagłębiała się w kolejnym, 33-metrowym tunelu pod kolejnym bastionem. Po przebyciu około 1600 metrów od stacji w Valletcie linia skręcała lekko w kierunku zachodnim, a następnie w kilometrze 2,19 docierała do stacji Ħamrun. Za Ħamrun linia odbijała w kierunku północnym, by za stacją Msida powrócić do osi wschód-zachód. Przed Msidą rozpoczynał się także nasyp, na którym linia biegła aż do miejscowości Birkirkara. Pomiędzy stacjami Balzan a Attard linia znowu biegła nasypem. Bezpośrednio za stacją Attard linia zagłębiała się w wykop (w najgłębszym miejscu nawet około 4 metrów poniżej poziomu gruntu), a około 500 metrów później skręcała w kierunku południowo-zachodnim.