Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe Joanny Czaplińskiej oscylują wokół zagadnień związanych z literaturą czeska drugiej połowy XX wieku i najnowszą, literaturą emigracyjną oraz zjawiskiem emigracji w szerokim aspekcie, najnowszymi kierunkami rozwoju prozy europejskiej, kulturą popularną. Jest autorką trzech monografii: Dziedzictwo robota. Współczesna czeska fantastyka naukowa, Tożsamość banity. Problematyka autoidentyfikacji w młodej czeskiej prozie emigracyjnej po 1968 roku, która stanowiła jednocześnie podstawę jej kolokwium habilitacyjnegoDane na podstawie Biblioteki Narodowej w Warszawie, stan na maj 2016 roku, oraz Přidaná hodnota exilu. Úvahy o české exilové literatuře po roce 1968, a także szeregu artykułów naukowych publikowanych w periodykach polskich i czeskich oraz tomach zbiorowych.
W latach 2002–2005 była kierownikiem grantu badawczego Komitetu Badań Naukowych pt. "Czeskie prozatorskie debiuty emigracyjne po 1968 roku".