Gdy Peter Kostelka objął funkcję przewodniczącego frakcji SPÖ w Radzie Narodowej, Christian Kern został rzecznikiem prasowym klubu poselskiego socjaldemokratów.
W 1997 został zatrudniony w koncernie Verbund AG, największym dostawcy energii elektrycznej w Austrii. Początkowo był asystentem zarządu. Od 1999 pełnił funkcję dyrektora działu marketingu strategicznego i zarządzania sprzedażą. Od 2000 do 2002 był dyrektorem generalnym jednej ze spółek koncernu. W latach 2002–2007 wchodził w skład zarządu Verbund Trading GmbH, zajmując również stanowisko prokurenta w Verbund AG. Następnie w 2007 został członkiem zarządu Verbung AG.
7 czerwca 2010 został dyrektorem generalnym holdingu kolejowego Österreichische Bundesbahnen, odpowiadając za strategię, komunikację, sprawy personelu, transport towarowy i przewozy pasażerskie. Od lutego 2011 do maja 2016 był również przewodniczącym rady nadzorczej spółki zależnej Rail Cargo Austria. W 2014 jego kontrakt z ÖBB został przedłużony o kolejne pięć lat. 1 stycznia 2014 został przewodniczącym Wspólnoty Kolei Europejskich oraz Zarządców Infrastruktury Kolejowej. W 2015 wybrano go na kolejną dwuletnią kadencję na okres 2016–2017.