Mimo to, z obecnego punktu widzenia, jego brak odcięcia się od nazistów i niektóre jego kontakty można zasadnie krytykować. Jednakże z punktu widzenia jego epoki swoje zachowanie mógł traktować jako nieuniknione i w ten sposób przedsiębrać środki do kontynuowania swojej pracy oraz chronić się w ten sposób przed donosami. W przeciwnym wypadku, aby móc kontynuować swoją pracę w spokoju musiałby emigrować z Niemiec.
Hugo Bernatzik mieszkał z rodziną w Heiligenstadt, w willi zbudowanej na zlecenie jego ojca w 1911 roku, według projektu architekta Josefa Hoffmanna i umeblowanej przez artystów z wiedeńskich warsztatów. Zmarł w 1953 roku, po wielu latach choroby tropikalnej w wieku 56 lat. Zostawił po sobie spuściznę ważnych dzieł sztuki fotograficznej, dostępne w Wiedniu w Fotograficznym Instytucie Bonartes (bonartes.org), a także liczne publikacje przetłumaczone na wiele języków i publikowane aż do 1960 roku.