W tamtejszej Liga MX zadebiutował 9 stycznia 2016 w przegranym 0:2 meczu z Leónem.
Kariera reprezentacyjna W marcu 2009 Flores został powołany przez Thomasa Rongena do reprezentacji Stanów Zjednoczonych U-20 na Mistrzostwa Ameryki Północnej U-20. Tam rozegrał trzy z pięciu możliwych spotkań (z czego dwa w wyjściowym składzie), docierając ze swoją kadrą do finału tych rozgrywek, gdzie przegrała ona ostatecznie z Kostaryką (0:3). Sześć miesięcy później znalazł się w składzie na Mistrzostwa Świata U-20 w Egipcie, podczas których wystąpił we wszystkich trzech meczach (z czego w dwóch w pierwszej jedenastce), zaś Amerykanie zakończyli swój udział w młodzieżowym mundialu na fazie grupowej.
W marcu 2012 Villafaña – jako zawodnik reprezentacji Stanów Zjednoczonych U-23 prowadzonej przez Caleba Portera – wziął udział w północnoamerykańskim turnieju kwalifikacyjnym do Igrzysk Olimpijskich w Londynie.