Miasto Valletta oficjalnie zostało stolicą Malty oraz siedzibą Zakonu w dniu 18 marca 1571, jakkolwiek ciągle nie było ukończone. Na koniec XVI w. Valletta była największym skupiskiem mieszkańców na Malcie.
Ulepszenia i imodyfikacje thumb|left|Widok Valletty i Wielkiego Portu w 1801
W wiekach XVII i XVIII fortyfikacje Valletty były wzmacniane poprzez budowę różnych konstrukcji wysuniętych przed ich główną linię, wliczając w to cztery przeciwstraże wzdłuż przedpola, jak również osłoniętą drogę na przeciwskarpie () oraz przedstok (). W późnych latach 1680. północny koniec półwyspu, wraz z fortem St. Elmo, został również włączony w system bastionów wokół rdzenia (), znany jako Carafa Enceinte, aby zapobiec lądowaniu wroga od strony morza.
Pomimo tych zmian, zdawano sobie sprawę, że mury Valletty nie są wystarczająco mocne, aby wytrzymać oblężenie. W roku 1635 rozpoczęto budowę Floriana Lines, włączając w to mury frontowe Valletty. Floriana Lines były również modyfikowane w XVIII w. W latach późniejszych przedmieście Floriana rozbudowało się na terenach pomiędzy Floriana Lines a murami frontowymi Valletty, i jest teraz miastem samym w sobie.