1 września 2015 dekretem metropolity warszawskiego w miejsce rektoratu Świętego Jana Pawła II ustanowiona została parafia pod tym samym wezwaniem, z siedzibą w Warszawie przy ul. Obrońców Tobruku 48. Parafia została włączona do dekanatu jelonkowskiego. Proboszczem został dotychczasowy rektor – ks. dr Sławomir Abramowski.
Zasięg parafii Parafia leży na granicy dzielnic Bemowo i Bielany i swoim zasięgiem obejmuje ulice:
Plany budowy Całość inwestycji ma obejmować kościół, „Centrum Rodziny im. św. Jana Pawła II” oraz dom parafialny.
Projekt kościoła Kościół zostanie wybudowany na planie ośmiokąta, co ma stanowić nawiązanie do starożytnej architektury chrześcijańskiej. Budowla ma zostać wzniesiona w „nowej estetyce” włoskiego architekta Mattia del Prete. Przestrzeń kościoła i prezbiterium ma zostać wydzielona poprzez koncentrycznie ulokowane obrazy (o powierzchni ok. 9 m² każdy) o formie nawiązującej bezpośrednio do kanonicznych form malarstwa ikonowego. Owa Korona Misteryjna ma mieć odniesienie do norm kanonu ikonograficznego Kościoła wschodniego i stanowić most łączący sztukę Wschodu i Zachodu.