Przebieg wojny odwrócił się w 1679 r., gdy Szwecja i Francja zawarły pokój z cesarzem, a następnie z Brandenburgią. Izolowana Dania musiała ustąpić i zawrzeć pokój ze Szwecją i Francją. Zobowiązana została wówczas zwrócić wszelkie dobra i prawa Chrystianowi Albrechtowi. Jednak wkrótce konflikt na nowo odżył, gdy Chrystian V porozumiał się z Francją i ponownie zaczął podnosić roszczenia pod adresem Chrystiana Albrechta. W 1684 r. król duński zajął książęce dobra w Szlezwiku i zjednoczył je z własną częścią pod swoim berłem. Jednak ponownie niekorzystny dla Danii obrót spraw w polityce europejskiej (sojusz władców przeciwko Francji, który zapoczątkował wojnę palatynacką spowodował, że Chrystian V był zmuszony w 1689 r. zwrócić księciu zagrabione dobra.
Chrystian Albrecht, choć wyrastał na dworze swego ojca, znanego z zamiłowania do nauki i kultury oraz otrzymał staranne wykształcenie, był słabym władcą. W polityce przetrwanie zawdzięczał głównie sojuszowi ze Szwecją. W 1665 r. ufundował uniwersytet w Kilonii. W latach 1655–1666 był także księciem-biskupem Lubeki.
Został pochowany w katedrze św. Piotra w Szlezwiku. Tron w Gottorpie przejął starszy syn, osiemnastoletni Fryderyk IV.