W kwietniu 1943 roku wraz z adm. Yamamoto dokonywał inspekcji walczących oddziałów. 18 kwietnia oba samoloty (Yamamoto i Ugaki lecieli w osobnych samolotach) zostały zestrzelone przez amerykańskich pilotów w pobliżu Wysp Salomona podczas zaplanowanej akcji zwanej operacją Vengeance. Samolot z Yamamoto rozbił się w dżungli, grzebiąc wszystkich lotników, a maszyna z Ugaki spadła do morza. Ugaki był jednym z trzech ocalałych.
Po wyzdrowieniu Ugaki został dowódcą 1. Dywizjonu Pancerników składającego się z okrętów: „Nagato”, „Yamato” i „Musashi” i dowodził nim 24 października podczas bitwy w zatoce Leyte w części zwanej bitwą na morzu Sibuyan oraz 25 października w bitwie na morzu Samar.
W lutym 1945 roku Ugaki został mianowany dowódcą 5. Floty Powietrznej stacjonującej na Kiusiu. W marcu tego roku zorganizował pierwszą grupę kamikaze, a następnie kierował nią w Operacji Ten-gō, atakując okręty US Navy w pobliżu Okinawy. Jednocześnie organizował kolejne oddziały pilotów samobójców, zamierzając wykorzystać je w obronie Kiusiu przeciwko oczekiwanej inwazji aliantów na Wyspy Japońskie.