Jesienią odbyły się kolejne koncerty w Stanach Zjednoczonych wraz z zespołami Will Haven i Dwonthesun. W grudniu Soulfly zagrał także w Japonii i Australii wraz z Hatebreed.
Na przestrzeni stycznia i lutego 2003 roku muzycy udali się do Europy, gdzie dali szereg koncertów. Wkrótce potem z Soulfly odeszli Mayorga, Doling i Dias. Funkcję perkusisty ponownie objął Joe Nunez. Ponadto do grupy dołączyli gitarzysta Marc Rizzo, wcześniej związany z Ill Niño (wcześniej w Ill Niño) i basista Bobby Burns (znany z występów w Primer 55). 30 marca 2004 został wydany album Prophecy. Partie gitary basowej na rejestrowanym albumie nagrał Dave Ellefson z Megadeth, który także wystąpił w teledysku „Prophecy” oraz zagrał z grupą kilka koncertów. Materiał na płytę był tworzony w zrębach w USA, a dopracowywany w Serbii (wraz z tradycyjnym zespołem ludowym oraz grupą muzyczną EyesBurn). Wydawnictwo zawierało oprócz nowych kompozycji dodatkowe nagrania zrealizowane podczas Hultsfred Festiwal w Szwecji w 2001 roku. Prophecy prezentowało rozwiniętą formułę muzyki prezentowanej dotychczas przez zespół. Ponadto na flecie i kobzie zagrał Ljubomir Dimtrijevic. Zdaniem Cavalery był to jego początek do thrash metalu. W kwietniu 2004 muzycy zagrali w Stanach Zjednoczonych wraz z zespołami E-Town Concrete i Sworn Enemy.