W pierwszych latach działalności silne piętno na twórczości zespołu odcisnęła śmierć wspomnianego Wellsa, któremu dedykowane były albumy i poświęcane poszczególne utwory grupy. Od pierwszego albumu na każdym kolejnym pojawiał się utwór instrumentalny pod tytułem „Soulfly” i nazywany kolejnymi liczbami, w zamierzeniu Cavalery mający być akustyczną improwizacją. Po wydaniu płyty Soulfly koncertował do końca 1998 i w 1999. Po powrocie do Brazylii uczestniczącego w nagraniach gitarzysty prowadzącego Lucio Maia, do udziału w trasie koncertowej został zaangażowany Logan Mader. W 1998 Soulfly występował na Ozzfest, grając w Wielkiej Brytanii i w Ameryce. Menedżerką grupy na lata została Gloria Cavalera.
Następnie doszło do zmian w składzie: Madera zastąpił Mikey Doling (znany wówczas z występów w punk rockowym zespole Snot), Mayorgę zastąpił Joe Nunez. W odnowionym składzie latem 2000 muzycy odbyli amerykańską cześć koncertów objazdowego festiwalu Ozzfest, grając jako gwiazda na drugiej scenie. W utworze „Bleed” kilkakrotnie wystąpił wokalista Disturbed, David Draiman. 26 września 2000 ukazał się drugi album Soulfly zatytułowany Primitive. Nagrania zostały zrealizowane w studiu nagraniowym The Saltmine Studio Oasis w mieście Mesa we współpracy z producentem muzycznym Tobym Wrightem. Gościnnie na płycie wystąpili m.in.