W tym samym 2013 roku Murillo osiągnął kolejny puchar kraju, a w sezonie Apertura 2014, tworząc pewny duet stoperów ze Stefanem Mediną, wywalczył trzecie z rzędu mistrzostwo Kolumbii. Wówczas także zajął drugie miejsce w superpucharze oraz dotarł do finału południowoamerykańskich rozgrywek Copa Sudamericana. W sezonie Finalización 2015 po raz czwarty zdobył z Atlético Nacional – prowadzonym już przez Reinaldo Ruedę – mistrzostwo Kolumbii, tym razem grając na środku obrony z doświadczonym Alexisem Henríquezem, a także uplasował się na drugim miejscu w superpucharze kraju. Ogółem barwy Atlético Nacional reprezentował przez cztery lata, będąc uznawanym za czołowego piłkarza ligi kolumbijskiej.
Wiosną 2016 Murillo przeszedł do meksykańskiej ekipy CF Pachuca, gdzie z miejsca został podstawowym graczem linii obrony, wygrywając rywalizację z kapitanem zespołu i swoim rodakiem Aquivaldo Mosquerą. W Liga MX zadebiutował 8 stycznia 2016 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Tijuaną i już w swoim pierwszym, wiosennym sezonie Clausura 2016 wywalczył z drużyną prowadzoną przez Diego Alonso mistrzostwo Meksyku. Znalazł się wówczas także w wybranej przez władze ligi najlepszej jedenastce rozgrywek.