W momencie powstania w skład instytutu weszły trzy zakłady zlokalizowane w Warszawie: Zakład Chemii I (późniejszy Zakład Chemii Analitycznej); Zakład Organopreparatów i Witamin (późniejszy Zakład Biochemii); Zakład Farmakologii; Zakład Chemii II w Łodzi (późniejszy Zakład Chemii Farmaceutycznej).
Dodatkowo utworzono trzy działy administracyjne, w tym Dział Planowania (późniejszy Metodyczno-Organizacyjny).
Zakres zadań Instytutu Leków był rozszerzany stopniowo o dalsze grupy środków medycznych, wymagających nadzoru ze strony administracji państwowej, co inicjowało powoływanie kolejnych komórek organizacyjnych. Inne zmiany struktury organizacyjnej Instytutu wymuszała specjalizacja przedmiotów badań.
Rada Naukowa Instytutu Leków był to zespół osób związanych z działalnością naukową (w części zatrudnionych w innych jednostkach organizacyjnych), reprezentujących różne specjalności w dziedzinach nauk farmaceutycznych i medycznych. Pełniła ona głównie rolę doradczą i opiniodawczą oraz inicjowała inne działania Instytutu.