W 1927 został przeniesiony służbowo z 17 pp do Powiatowej Komendy Uzupełnień Sanok. W sierpniu tego roku został przeniesiony do kadry oficerów piechoty z równoczesnym przydziałem do PKU Rzeszów na stanowisko kierownika II referatu poborowego. Od 1 września 1938, po reorganizacji służby uzupełnień, pełnił służbę w Komendzie Rejonu Uzupełnień Rzeszów na stanowisku kierownika I referatu ewidencji.
Po agresji ZSRR na Polskę znalazł się w niewoli sowieckiej. Według wspomnień córki, Teresy Abratowskiej (emerytowanej nauczycielki Zespołu Szkół Kształcenia Ponadgimnazjalnego w Chojnicach), w listopadzie 1939 jej ojciec znalazł się w transporcie jeńców do Kozielska. Do Polski dotarły od niego dwie wiadomości – do brata jego żony i do rodziny mieszkającej koło Krosna. Między 11 a 12 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 022/2 z 9.04.1940. Został zamordowany między 13 a 14 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Nie został zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943. W Archiwum Robla, w pakiecie 0456-01, 03, Józef Abratowski jest wymieniony w dwóch odręcznych listach.