Dowodząc pułkiem został ranny w bitwie pod Mławą. Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został aresztowany przez Sowietów. Od 1940 był osadzony w obozie jenieckim NKWD w Griazowcu. Jesienią 1940 wraz z kilkoma innymi oficerami został umieszczony w tzw. „willi rozkoszy” w Małachówce. W połowie marca 1941 roku lokatorzy willi w Małachówce większością głosów zdecydowali współpracować z redakcją „Nowych Widnokręgów”. Za pośrednictwem NKWD wysłano do redakcji pisma deklarację. Opracowany przez ppłk. Dudzińskiego tekst rozpoczynał się następująco: „My, niżej podpisani oficerowie byłej Armii Polskiej stwierdzamy, że Naród Polski dotychczas był oszukiwany i wyzyskiwany przez klasę posiadającą. Dopiero Związek Sowiecki wskazał właściwi drogę do uszczęśliwienia wszystkich ludzi [...] Z dobrodziejstw konstytucji stalinowskiej korzysta już znaczna część Narodu Polskiego, aby jak najprędzej pozostała część weszła w skład szczęśliwych narodów Związku Sowieckiego”. Według opinii rtm. Narcyza Łopianowskiego ppłk Dudziński podczas pobytu w Małachówce odgrywał rolę „inicjatora” lub „prowokatora”, stosownie do zleceń ppłk. Zygmunta Berlinga. Później pensjonariusze z Małachówki zostali przewiezieni do Moskwy. Dudziński był jedynym z sześciu oficerów, którzy podpisali zredagowane przez ppłk.